市面上的巴氏杀菌机种类较多，按加热方式和结构形式，主要可分为以下几类，分别适配不同的产品和产能需求。
第一种是水浴式巴氏杀菌机，物料完全浸泡在热水中杀菌，受热均匀，适合软包装食品、酱腌菜、罐头类产品，是目前应用最广的机型。缺点是部分轻的物料容易漂浮，需要加装压网固定。
第二种是喷淋式巴氏杀菌机，通过上下喷嘴喷淋热水杀菌，适合瓶装、罐装饮品以及怕浸泡的包装产品，杀菌后产品表面水渍少，后续干燥更轻松。
第三种是板式巴氏杀菌机，属于流体专用设备，通过板式换热器对牛奶、果汁、酱料等液体物料快速加热杀菌，换热效率高、占地面积小，是乳品、饮料行业的主流机型。
第四种是滚杠式巴氏杀菌机，用滚杠输送玻璃瓶、易拉罐，产品边滚动边杀菌，受热更均匀，适合瓶装酱料、罐头类产品的大批量生产。
此外按产能还可分为小型批次式和大型连续式，企业可根据自己的产品类型、包装形式和日产量选择合适的种类。
